Estoy 99% seguro, que nunca siempre se puede aprender más.
Tu no cobras el beneficio de la sociedad, cobras lo que tengas estipulado en la nómina, o lo que decidas sacar por dividendos, el resto es un dinero que pasa a las reservas de la sociedad, en el porcentaje que tengan establecidos los estatutos de fundación.
Pero no lo estás contemplando bien, intento ilustrarlo.
Siguiendo el ejemplo que pones, como tienes una sociedad y la sociedad te contrata, tú eres un empleado de esa sociedad, y Supongamos que decides cobrar 50.000€/año, por lo que de tu beneficio de 100K, al añadirle está nómina, la sociedad solo tendrá un beneficio de 50.000€, que supondrían 12500€.
Los otros 50.000 serían los que has recibido de la sociedad en concepto de remuneraciones. Recuerda que al hablar de sociedad aunque tú seas el dueño, es son mundos distintos, la sociedad va por un lado y ti por otro, al igual que un trabajador contratado representa un gasto deducible para la sociedad, el cargo de administrador también lo es.
Espero haberte aclarado algo más, de todas formas, mi recomendación es que estos temas tan delicados y de suma importancia los trates en una asesoría fiscal que son expertos en estos temas y sabrán darte la mejor solución.
Yo trabajo en una, y aunque esté en otro departamento, algo aprendo de los compis fiscales, aún así no tomes mi palabra como verdad absoluta.
Un saludo!